Aineiston valinta 

Eliölajit -järjestelmässä on paljon sellaista tietoa, joka ei sovellu suoraan käytettäväksi toimintamallissa. Metsätalouden käyttöön poimittava aineisto on suunniteltu ja rajattu mahdollisimman laadukkaaksi ja ajantasaiseksi. Mukaan on valittu vain sellaiset lajiryhmät ja lajit, joiden huomioonottaminen on hyödyllistä ja mahdollista metsätalouden toiminnassa ja josta ympäristöhallinnolla on kattavimmat tiedot. Myös toimintamallin ulkopuolelle jääneissä lajiryhmissä on metsissä esiintyviä lajeja, joiden huomioiminen metsätaloudessa on tärkeää. Toimintamallin käytöstä saatujen kokemusten ja tiedon karttumisen myötä myös näiden lajiryhmien lajeja voidaan ottaa mukaan toimintamallin lajilistalle. 

Toimintamallia varten laaditulla lajilistalla on 617 putkilokasvi-, sammal-, kääväkäs-, jäkälä- ja kovakuoriaislajia. Metsä- ja suolajien lisäksi mukana on myös metsänreunojen ja perinnebiotooppien lajeja (lajien elinympäristöt ovat Suomen kolmannen valtakunnallisen uhanalaisuusarvioinnin, vuodelta 2000, mukaisia). Direktiivilajien ja uhanalaisten lajien lisäksi listalla on myös silmälläpidettäviä lajeja. Lajilistan ovat laatineet kyseisen lajiryhmän hyvin tuntevat asiantuntijat SYKEstä ja lista on hyväksytty toimintamallia valmistelleen hankeen ohjaus- ja tukiryhmissä.

Uuden uhanalaisuusarvioinnin julkistamisen (1.12.2010) jälkeen lajilistan tiedot on päivitetty uuden arvioinnin mukaisiksi. Monet aiemmin silmälläpidettäviksi luokitellut kääväkäs- ja kovakuoriaislajit on nyt arvioitu elinvoimaisiksi. Nämä lajit on poistettu listalta. Poistojen jälkeen listalla on 501 lajia. Arvioinnin uusia uhanalaisia metsälajeja ei ole lisätty listalle. Nämä lajit tulevat mukaan, kun toimintamallin lajilista kokonaisuudessaan päivitetään vuoden 2011 aikana. 

Listojen IUCN-luokka, elinympäristöt ja uhkatekijät on päivitetty vuoden 2010 uhanalaisuusarvioinnin mukaisiksi. Arvioinnin uusia uhanalaisia metsälajeja ei ole lisätty listoihin.

Lajilistat:
Putkilokasvit
Sammalet
Kääväkkäät
Jäkälät
Kovakuoriaiset
Lyheteiden selitykset

Nisäkkäiden ja lintujen puuttuminen listalta johtuu siitä, että niistä ympäristöhallinnolla on erittäin puutteellisesti tietoja. Liito-oravatiedot on rajattu toimintamallin ulkopuolelle, koska käytännöt siitä ovat jo olemassa. Lajilistaa päivitetään tarpeen mukaan mm. uusilla uhanalaisuusarvioinnin tuloksilla. 

Toimintamallin mukainen aineisto poimitaan Eliölajit -järjestelmästä seuraavilla rajauksilla:

• toimintamallin lajilistan mukaiset lajit (501 kpl)
• pistemäiset kohteet, joiden koordinaattitarkkuus on 1 tai 10 metriä
• ns. varmat havaintopaikat (paikan tilanne järjestelmässä on +, olemassa oleva paikka)
• uusin, vuoden 1990 jälkeen tehty havainto
• jos uusin havainto on negatiivinen (lajia ei ole nähty paikalla), poimitaan myös viimeisimmän positiivisen (laji on nähty paikalla) havainnon päivämäärä